Mae'r rhan fwyaf o ddynoliaeth wedi cael ei ddileu gan angenfilod tywyll dirgel a elwir yn “Phantoms yn unig.” Mae pedwar goroeswr, a allai fod yr olaf o'r hil ddynol, wedi dod o hyd i'w gilydd ac yn rhannu bodolaeth dawel, heddychlon. Mae'r goroeswyr hyn yn fachgen caredig, dibynadwy yn ei arddegau o'r enw Masashi, dwy ferch yn eu harddegau, Sanae swil a Yaeko mwy pwerus, a merch fach o'r enw Anna. Maent yn teimlo fel eu bod yn byw mewn cyflwr “ar ôl ysgol” gwastadol, yn aros i weddill yr hil ddynol ddod adref. Wrth iddynt basio eu dyddiau gyda'i gilydd, maent yn dechrau gweld rhai pethau rhyfedd a chanfod nad yw'r bwystfilod wedi gadael y Ddaear eto. A fyddant yn darganfod beth ddigwyddodd i'w planed mewn gwirionedd?
