Yn Hen Orllewin America, mae ras fwyaf y byd ar fin dechrau. Mae miloedd yn ymuno yn San Diego i deithio dros chwe mil cilomedr am gyfle i ennill y wobr fawreddog o hanner can miliwn o ddoleri. Gyda chyfnod y ceffyl yn cyrraedd ei ddiwedd, caniateir i gystadleuwyr ddefnyddio unrhyw fath o gerbyd y maent yn dymuno. Bydd yn rhaid i gystadleuwyr ddioddef amodau anodd, gan deithio hyd at gant cilomedr y dydd trwy diroedd gwastraff digymar. Mae'r Rhedeg Pêl Dur yn wirioneddol yn ddigwyddiad un-o-fath.
Mae'r llanc ifanc Johnny Joestar, cyn-rasiwr ceffylau, wedi dod i San Diego i wylio dechrau'r ras. Yno mae'n dod ar draws Gyro Zeppeli, rasiwr gyda dwy bêl ddur yn ei ganol yn lle gwn. Mae Johnny yn dystion i Gyro gan ddefnyddio un o'i beli dur i ryddhau pŵer rhyfeddol, gan orfodi dyn i danio ei wn ato'i hun yn ystod duel. Yng nghanol y weithred, mae Johnny yn digwydd cyffwrdd â'r bêl ddur ac mae'n teimlo pŵer yn ymchwyddo trwy ei goesau, gan ganiatáu iddo sefyll i fyny am y tro cyntaf mewn dwy flynedd. Gan addo dod o hyd i gyfrinach y peli dur, mae Johnny yn penderfynu cystadlu yn y ras, ac felly mae'n cychwyn ar ei antur ryfedd ar draws America ar y Ras Pêl Dur.
