Mae Mei no Naisho yn troi o gwmpas bywyd y cymeriad teitl Mei Haruna, bachgen ifanc effeminate a godwyd gan ei fam wrach yn ferch, ac a oedd bob amser yn meddwl amdano'i hun yn fenywaidd. Ei fam oedd yr unig deulu a oedd ganddo, felly ar ôl iddi farw, mae'n trosglwyddo i ysgol uwchradd i ferched i gyd ac yn dod i breswylio yn ystafell gysgu'r ysgol gyda'i gath gyfarwydd Abel, a'i gyd-letywr Fuuka Honjou, sydd hefyd yn aelod o y pwyllgor moesau cyhoeddus. Yn fuan ar ôl cyrraedd yr ysgol, mae ei ffrindiau newydd yn darganfod ar ôl arddangosfa hudol yn y baddon cymunedol ystafell gysgu ei fod yn wrywaidd mewn gwirionedd, er bod hyn yn gymaint o sioc iddo er ei fod yn ymwybodol o'r gwahaniaethau corfforol rhyngddo ef a merched arferol. Er iddo gael ei ddarganfod, ac ar ôl rhywfaint o ymyrraeth ddefnyddiol gan lywydd y cyngor myfyrwyr gwyrdroëdig, mae pennaeth yr ysgol yn penderfynu y gall aros yn yr ysgol. Drannoeth, daw Mei i'r ysgol gyda Fuuka ac mae'n ymddiheuro am guddio'r ffaith ei fod yn wrach, ac yn hysbysu'r lleill sut y mae'n ymddangos ei fod yn wryw. Mae'r myfyrwyr eraill yn ei dderbyn yn gyflym fel un eu hunain, ac mae sut y gall ddefnyddio hud yn creu argraff arnyn nhw.
